L’attuale aspetto della Chiesa è frutto di una complessa evoluzione edilizia, fatta di giustapposizioni, svuotamenti e ristrutturazioni.
Il nucleo originario romanico, più corto, basso e stretto dell’attuale, si articolava in 3 navate coperte da volte, terminanti in 3 absidiole semicircolari (di cui si conserva quella settentrionale); la facciata era preceduta da un protiro quadrangolare, forse aperto da arcate su tutti e tre i lati; già esistente all’epoca era anche il campanile, che comunicava con l’area presbiteriale e concluso da una cella a bifore.
Tra la fine del XII e l’inizio del XIII secolo venne aggiunta un’ampia cappella rettangolare sul lato nord, articolata in due campate coperte da una volta a crociera, comunicante con la navata tramite i due grandi archi tuttora visibili.
Sul finire del XIV secolo venne aggiunta una terza cappella sul lato settentrionale, coperta da una volta ogivale a costoloni e comunicante con l’aula tramite un arco a sesto acuto.
Nel XV secolo l’edificio venne radicalmente ristrutturato: le tre navate e l’atrio vennero demoliti e sostituiti dall’ampia aula unica, suddivisa in 4 campate da arconi ogivali che reggono direttamente il tetto a due falde.
Tra la fine del XV e l’inizio del XVI secolo furono realizzati gli svariati affreschi di iconografia francescana. Venne costruita l’ultima cappella rinascimentale a sinistra dell’entrata, coperta da volta a ombrello e decorata da affreschi attribuiti a Paolo da Caylina il Giovane, e creato spazio per il Fonte Battesimale sulla destra.
All’inizio del XVI secolo venne aggiunto anche il profondo coro semicircolare, decorato con affreschi raffiguranti i 12 Apostoli.
