Il nome Franciacorta ha origini incerte; la versione più accredita fa risalire il nome alle corti franche, ossia al fatto che i principali centri dell'area dell'arco morenico -Borgonato, Torbiato, Nigoline, Timoline, Colombaro, Clusane, Cremignane e Adro - erano all'origine corti altomediovali, che successivamente, dopo l'arrivo dei Benedettini cluniacensi, godettero di franchigie.
Il Malvezzi, nel 1412, faceva risalire il nome alla sosta di un accampamento di Carlo Magno coi Franchi prima di attaccare la città di Brescia. Per cui Franciacorta equivarrebbe a breve dominio dei Franchi.
Ottaviano Rossi trae il nome dalla esenzione di dazi e gabelle concesse dalla Repubblica Veneta; perciò Franciacorta non sarebbe altro che una "contrada o vicinanza o quadra libera".
Il primo documento che indirettamente fissa i limiti della Franciacorta è lo "Statuto" del doge Francesco Foscari del 1429, nel quale risultano divisi la città di Brescia in quattro quadre (circoscrizioni amministrative di vari comuni governati da un Vicario) e il territorio bresciano in venti. Alle quadre di Rovato e di Gussago viene aggiunto il nome di "Franciacorta". Lo Statuto del Foscari cita i comuni che fanno parte della Franciacorta: Gussago, Cellatica, Sale, Castegnato, Ronco, Rodengo, Saiano, Ome, Brione, Polaveno, Monticelli Brusati, Valenzano, Provezze, Provaglio (quadra di Gussago), Rovato, Coccaglio, Erbusco, Calino, Cazzago, Camignone, Bornato, Passirano, Paderno (quadra di Rovato). Capriolo, Nigoline, Timoline e Colombaro erano assegnati alla quadra di Palazzolo.
La prima rappresentazione cartografica risale al 1469. Si trova in una carta del Bresciano di autore anonimo conservata nella Biblioteca estense di Modena, dove e' indicata col nome di Franciacorta la zona corrisponente all'anfiteatro morenico del lago d'Iseo.
Nel sec. XVI ritorna il nome "Vallis Isei". Franciacorta riappare nell'atlante del Magini alla tavola del "Territorio di Brescia e di Crema", ampliata alle colline moreniche a Sud del lago d'Iseo.
Ulteriore estensione viene data alla Franciacorta da due carte del sec. XVIII: a Nord raggiunge Pisogne e a Sud Rudiano, Chiari e Castel Mella.
Ai limiti del Foscari viene riportata su una carta del territorio di Milano della fine del '700.
Il nome scompare nel sec. XIX, per riapparire nel sec. XX.
L'avvocato Arturo Bersi fa notare come il nome antico di Franciacorta designasse il bacino morenico inferiore del Sebino, la estesa e paludosa Vallis che ha dato il nome a Provaglio (Prope Vallis) all'antico Montenaris e che comprendeva le corti monastiche di Clusane (priorato cluniacense), Colombaro (cella di S. Maria), Timoline (corte di S. Giulia), Nigoline (corte di S. Eufemia), Borgonato (corte del Monastero di Leno), Torbiato (corti dei monasteri di S. Zeno di Verona e di S. Faustino di Brescia).
Monasteri e badie in Franciacorta si trovavano pure a: Rodengo, Cazzago, Paderno, Provaglio, Ome, Polaveno, Gussago, Sale, Bornato e Calino. Poichè tali monasteri e badie godevano di particolari esenzioni e franchigie, erano cioè "franchae curtes" (corti franche), sembra senz'altro giustificato l'appellativo di Franciacorta dato alla regione.
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