Provaglio fu per secoli località di transito dei prodotti agricoli e di legname del vicino mercato d'Iseo, mentre l'occupazione principale era quella agricola. Fu coinvolto nelle discordie, spesso violente, tra guelfi e ghibellini. Agli inizi del quattrocento Pandolfo Malatesta ne distrusse il castello. Lungo le dominazioni Veneta, durata circa tre secoli e mezzo, napoleonica e austriaca la grande storia sfiorò appena Provaglio.
Nel 1493 il comune di Provaglio contava 1080 abitanti, quello di Provezze 620. Nel 1590 gli abitanti dell'uno e dell'altro erano rispettivamente 981 e 672.
Nel novembre del 1629, un reparto di lanzichenecchi in fuga dall'assedio di Mantova venne affrontato nei pressi di Provaglio. Ne rimasero uccisi una cinquantina e diciotto finirono prigionieri. Ma nella primavera successiva venne la peste a colpire duramente i due paesi: nel 1637 Provaglio scese a 744 abitanti e Provezze a 484. Nel secolo successivo la popolazione aumentò e nel 1766 Provaglio era abitato da 988 persone e Provezze da 573. Si ritenne che la chiesa di San Pietro in Lamosa fosse inadeguata a raccogliere i fedeli e sul finire del settecento si pose la prima pietra della nuova parrocchiale dei santi Pietro e Paolo terminata nel 1817. Il clarense Teosa la decorò con buoni affreschi.
Già dal finire del settecento era iniziato lo sfruttamento dei depositi di torba nelle lame che occupò sempre più addetti alle escavazioni fino a raggiungere i duecento operai alla fine dell'ottocento, quando erano aperte sette cave. Poi gli occupanti diminuirono perché alla torba si sostituì prima il carbone e poi l'energia elettrica nelle filande iseane.
L'escavazione di torba riprese durante la seconda guerra mondiale per cessare del tutto negli anni sessanta. Si accentuò così il fenomeno, già in corso ma in misura limitata, dei lavoratori pendolari soprattutto verso Brescia; negli anni ottanta essi salirono a quasi ottocento, malgrado iniziative locali avessero avviato piccole e grandi industrie soprattutto nei settori meccanico, elettronico, della plastica e delle costruzioni. Dai 3161 abitanti censiti nel 1931 dopo l'aggregazione del comune di Provezze, si sono superati i 4000 abitanti nel 1951 e i 5000 nel 1991, allorché gli occupanti erano 1439 di cui 536 nelle aziende metalmeccaniche, 406 nel settore tessile ed alimentare, 141 nelle costruzioni.
A Provaglio fino al 1850 prosperavano gli ulivi sulle pendici esposte al sole e al riparo dai geli. Da circa un ventennio la coltura dell'olivo è stata ripresa così che in Franciacorta Provaglio è secondo in tale coltura solo a Monticelli Brusati. Sempre negli anni settanta è diminuita invece di circa il 40 per cento la superficie riservata alla vite, benché rappresenti ancora un quinto della superficie agricola. Ciò coincide con un calo dei coltivatori diretti, mentre prospera e s'ingrandisce a circa trenta ettari la grande azienda vitivinivola Bersi Serlini del Cerreto. Al Fontanì, località di accesso alle torbiere di Provaglio, nel 1993 è stato aperto un piccolo museo illustrante le torbiere stesso con materiale vario, naturalistico ed etnografico.
